Het project Marker Wadden is niet te begrijpen zonder iets te weten van het plan voor de Zuiderzeewerken van Cornelis Lely. De Zuiderzeewerken betreffen het totaal aan projecten waarmee de Zuiderzee werd afgesloten, in het IJsselmeer veranderde en gedeeltelijk werd ingepolderd en drooggelegd.

Met de aanleg van de Afsluitdijk (1934) kon de Nederlandse regering in één klap de kust versterken en verkorten. Hiermee werd Noord-Nederland veel beter beschermd tegen noordwesterstormen. Honderden kilometers kwetsbare veendijken kwamen immers achter een sterke dam (32 km) te liggen. De Zuiderzee, met z’n getij en zout water, veranderde in één van de grootste zoetwatermeren van Europa, het IJsselmeer.

Mede door de aanleg van de Afsluitdijk konden hierdoor ook landaanwinningen plaatsvinden. Dit resulteerde in de Wieringermeer (1930), de Noordoostpolder (1942), Oostelijk Flevoland (1957) en Zuidelijk Flevoland (1967). In totaal werd 165.000 hectare nieuw polderland drooggelegd. De Markerwaard was gepland als laatste polder. In 1976 werd als start van dat project een dijk gebouwd, de Houtribdijk.

De plannen voor de polder Markerwaard werden echter na een lang proces van maatschappelijk verzet afgeblazen. Wat overbleef is het Markermeer: ​​70.000 hectare zoet water. Het Markermeer was in de beginjaren een waardevol natuurgebied met een grote vispopulatie en talrijke vogelsoorten als broed- en overwinteringsgebied en rustplaats tijdens trek. Het meer werd aangewezen als Natura 2000-gebied en daarmee onderdeel van het Europese netwerk van natuurgebieden.

Geleidelijk aan werd het Markermeer troebel door erosie van de bovenste laag sediment op de bodem van het meer. De vispopulatie nam af en vogels verdwenen uit het gebied. Ook de harde dijkranden en het ontbreken van natuurlijke oevers, met geleidelijke overgangen van land naar water, alsook de onnatuurlijke waterstand (lager in de winter en hoger in de zomer), hebben een negatief effect op de natuur gehad. Op luchtfoto’s is het verschil tussen het troebele Markermeer en het heldere IJsselmeer goed te zien.